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文献要点

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• 系统发生网络比系统发生树能更好地代表物种演化信息, 推荐[:两个综述]

• 系统发生网络可以展示杂交、渗入、水平转移信息

• 系统发生网络几个属性:

  • hybrid nodes

  • branch length

  • inheritance probability γ: 基因组上发生hybrid的比例

  • minor hybrid edges: PhyloNetworks定义的概念, γ < 0.5的hybrid edge;

  • major hybrid edges: PhyloNetworks定义的概念, γ > 0.5的hybrid edge;

包的使用

:x 两个综述

• Mindell DP. 2013. The tree of life:metaphor, model, and heuristic device. Syst Biol. 62(3): 479–489.

• Morrison D. 2014. Is the tree of life the best metaphor, model, or heuristic for phylogenetics?. Syst Biol. 63(4): 628–638.